Abatacept ngăn chặn các tế bào trình diện kháng nguyên (APCs) cung cấp tín hiệu đồng kích thích. Điều này ngăn các tế bào T được kích hoạt đầy đủ, và thậm chí điều hòa chúng. Tín hiệu đơn giản mà không có đồng kích thích cho phép tế bào nhận ra tín hiệu chính là "tự" và không phản hồi lan man cho các phản ứng trong tương lai.

Để các tế bào T được kích hoạt và tấn công một kháng nguyên, kháng nguyên đó phải được trình diện cho tế bào T bởi một tế bào trình diện kháng nguyên (APC).

Sự kích hoạt đó đòi hỏi hai tín hiệu (một trong số đó được gọi là tín hiệu đồng kích thích hoặc tín hiệu 2):

Đối với tín hiệu 1, APC phải liên kết kháng nguyên với một phân tử phức hợp tương hợp mô lớn (MHC), đưa phức hợp đó lên bề mặt của nó và đưa nó vào thụ thể tế bào T trên bề mặt tế bào T.

Đối với tín hiệu 2, APC phải trình diện protein B7 trên bề mặt tế bào của nó với protein CD28 trên bề mặt tế bào T. Hai tín hiệu này kích hoạt tế bào T. Không có tín hiệu 2, tế bào T sẽ không được kích hoạt và sẽ trở thành dị ứng.

Abatacept bao gồm một protein tổng hợp của miền ngoại bào của CTLA-4 và IgG1 của con người, liên kết với protein B7 trên APC và ngăn nó truyền tín hiệu đồng kích thích đến tế bào T.[6][7]